引起吉林大米早稻烂秧的原因是多方面的，低温、缺氧、种子质量不好、病菌危害以及浸种、催芽和育秧过程中何一项措施不当，都可能造成烂袂
  但在造成烂秧的诸因素中，有主要因素和次要因素之分，在播种之前易想办法控制不良因素，而秧谷播入秧田之后，受外界因素的影响大，是早稻烂秧的主要矛盾。
   当秧苗长到二三叶期，植株内的通气组织逐渐形成，秧苗所需要的氧气可以由地上部分的通气组织供给，因此秧田缺氧不是主要矛盾。但随着叶面积的增加，秧苗的抗寒力因种子胚胎内养分的减少而逐渐降低，尤其是三叶期抗寒力弱，10℃以下的低温会使秧苗受冻引起死亡，故低温是秧苗青枯死苗的主要原因。在寒潮过后如天气突然转晴， 苗容易成簇成片发生心叶卷曲，叶色暗绿，自内而外枯死。产生这种原因主要是由于秧苗受到低温的影响，原生质结构遭受一定程度的破坏，生理机能受阻，根系吸收能力减弱，在低温阴雨条件下，秧苗水分不足的矛盾不明显，一旦天气转晴后，气温陡然上升，叶片的蒸腾量增加，秧苗体内的水分失去平衡，造成生理失水，形成卷叶青枯死苗烂秧。