吉林大米稻种产生哑谷过多的原因，一是种子质量不好，如种子本身发芽率低，种子没有精选、秕谷过多，二是浸种时间不够，破胸时温度不高不匀。
2、产生稻种霉口滑壳的原因，主要是由于破胸前温度低水分多，破胸时间拖得过长或中途降温时间过长，胚胎养分外渗产生滑壳现象，如果霉菌寄生则出现霉口。这种现象发生后的挽救措施，一般是用35℃的温水淘洗种谷一次，再进行第二次催发。
3、产生稻种酒精中毒的原因，主要是种谷长时期处于水分充足、谷堆温度较高、通气不良、缺乏氧气、产生缺氧呼吸而造成酒精积累。稻种酒精中毒的发生，往往与烧桶同时出现，若种谷只出现酒精中毒（有酒味）而没有烧桶时，则可用35℃的温水淘洗酒气后，再进行催芽，若与烧桶同时出现，并且较严重的话，则无理想的抢救办法。
4、产生幼根过长或弯曲的原因，主要是由于温度过高，水分不足形成根长芽短（干长根、湿长芽），应注意及时喷水，控根促芽。如果根端弯曲变黄，则是烧桶的明显象征。